現在の法律では会社側にリスクがあります。なるべくトラブルにならないような手順を、下記の通りお示し致します。
無断欠勤が一定期間継続し、連絡が取れない場合に、一定期間経過後自然退職とみなす就業規則の定めがあったとしても、多方面から複数回連絡を試みることなく規定を適用し退職処理することはリスクがあります。
たとえば無断欠勤の原因が突然の事故、メンタルヘルス不調、パワハラなど企業側の責任である場合、就業規則の定めを直ちに当てはめ退職とすると不当解雇としてトラブルの原因になります。
一定期間経過後に自然退職となる就業規則の定めがあるとしても、規定の適用前に無断欠勤にやむを得ない理由がないことを確認し、かつ複数回連絡を試み、勤務継続の意思がないことの根拠を集積することが重要です。
そのうえで最後に就業規則の定めにより退職となる旨を郵送で通知します。
根拠法令・参考情報
労働契約法第16条（解雇）